ルフィ&エース

入れ替え効果自体は共存します。ただし同じマークのエンハンス（ルフィローの自身の攻撃２倍とフレンドの攻撃２倍等）では先に効果発動させた方のみエンハンスが掛かります。これはスキルの場合でも同じです（ルフィローを入れ替えたあと他の攻撃◯倍スキルを使用しても効果がかからない）

ルフィ＆エースの入れ替え効果は「自分にかかっている痺れ・船長効果無効・スロット封じを完全に解除し、自分のスロットを自属性に変換する（[お邪魔]も変換可）」です。よって自身にしか効果を発しないので共存云々の話にはならないです。

お聞きの内容にエンハンスとあるので、まず船長効果ですがルフィの時「自由タイプの攻撃を3倍、体力を1.2倍、受けるダメージを15%減」、エースの時「自由タイプの体力を1.2倍、通常時2.25倍、スロット一致時約3.5倍」、ルフィ＆エースの時「自由タイプの体力を1.2倍、攻撃を通常時3倍、スロット一致時約4.25倍、受けるダメージを20％減」となっています。ルフィ及びエース、ルフィ＆エースの時も自由タイプですから各々の船長効果を共存します。また、どの船長効果も自由タイプに限った効果です、チーム編成時にはご注意してください。

また必殺技は「敵全体にキャラの攻撃の75倍の無属性ダメージを与え、1ターンの間一味のスロットの影響が倍、自由タイプの属性スロットを自属性スロットに変換、3ターンの間ルフィ＆エースになる」です。ここで問題になるのが、スロットの影響です。
同一ターンに、２体とも必殺技を発動しても、同一効果は重ね掛けができないので、スロットの影響は倍のままです。よってチーム編成時には、クエストの内容で攻撃力上昇、属性相性等の必殺技を持つメンバーを加えたほうがいいです。