どれを超進化させるのがベストですか？

余裕でミホーク一択すね

次のトレジャーマップのビックマムを回るのであればジンベエがいいと思います。予測ですが、ジンベエが特効キャラになりそうな予感がするので、、、。
他の方が仰ってる通りスカルは交換はしない方がいいと思います。ガチャキャラクターを手にいれれば襲来戦は楽に行けます。そこでスカルをとりましょう。ガチャキャラもポイントにするのは個人的に勿体ないので残しておいてもいいかと。もしよろしかったらフレンドになりましょう！

その中で超進化させるのであればフェス限ミホークが良いと思います
斬撃タイプのフェス限藤虎の船員として使えますし、必殺技が唯一無二なので活躍する機会は多いです(復活するボスに対してかなり有効)
またクエストによっては船長として超進化ミホークの方が藤虎よりも有効な場合があります
クリスタルは襲来がクリア出来るようになればそこそこ手に入りますが、超進化させるならばミホークですね

ちょっと質問とはズレてしまいますがポイントでスカルを交換するのは個人的にはオススメ出来ないです。
ポイントが貯まったと仰ってるので余ってる訳では無くてやっと貯まったポイントは他の物の為に使うことをオススメします。
交換所でしか手に入らない船とか…

進化させたいのが多くて難しい(´-ω-`;)ｳｰﾝ

ミホーク、ジンベエ、サボのいずれかですかね！
でも、たしかにやっと貯めたポイントなら船を手に入れたり、お得な各能力解放本以外は温存してた方が良いかと思います。
ちなみにちょっと話変わりますが、ダブったキャラについては自分はポイントに変えてましたが最近は超進化、進化、進化前等で取っておいたりしてます。
最近、レイリーだったかな…の進化前でクリア出来たチャレンジ等があり迂闊に進化させてばっかりもダメなのかなとか思ったり、超進化実装されてないキャラは属性変わったりするかもなので…
後は鑑賞用とか…
話ずれましたが、ポイントは余裕が無ければ無理にスカルは取らず後々、襲来で取っていけばかなり貯まるので焦らなくていいと思います！